Swarm v2: highly-scalable and high-resolution amplicon clustering
Frédéric Mahé, Torbjørn Rognes, Christopher Quince, Colomban de Vargas, Micah Dunthorn
Supplementary file
Table of Contents
1 Time and space benchmarks (Earth Microbiome Project 16S rRNA)
1.1 Obtain the datasets
Links for the partial dataset (1.2 billion reads)
ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_550\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.zip ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_638\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_662\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.zip ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_678\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.zip ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_722\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_723\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_776\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_805\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_808\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.zip 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ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1692\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1694\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1702\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1734\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1747\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1748\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz
Additional links for the full dataset (2.3 billion reads)
ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_550\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_632\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_638\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_659\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_662\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_678\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_713\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_722\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_723\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz 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ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1289\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1453\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1481\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1521\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1526\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1578\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1579\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1580\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1621\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1622\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1627\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1642\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1665\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1673\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1674\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1692\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1694\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1696\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1702\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1711\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1713\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1714\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1716\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1717\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1734\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1736\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1740\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1747\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1748\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1774\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1799\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_1883\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_2080\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_2182\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_2192\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_2229\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz ftp://thebeast.colorado.edu/pub/QIIME\_DB\_Public\_Studies/study\_2338\_split\_library\_seqs\_and\_mapping.tgz
1.2 Dereplicate
From this point, we only describe how to construct and analyze the full dataset. We use vsearch for dereplication and hashing (v1.3.3 or superior).
cd ${HOME}/Earth_Microbiome_Project/ TEMP=$(mktemp --tmpdir=.) # Dereplication at the study level and hashing for f in ./study_*/*.fna.gz ; do gunzip -c "${f}" > "${f/.gz/}" vsearch \ --derep_fulllength "${f/.gz/}" \ --sizeout \ --relabel_sha1 \ --fasta_width 0 \ --output "${f/.fna.gz/.fas}" cat "${f/.fna.gz/.fas}" >> "${TEMP}" rm "${f/.fna.gz/.fas}" done # Global dereplication vsearch \ --derep_fulllength "${TEMP}" \ --sizein --sizeout \ --fasta_width 0 \ --output EMP_92_studies.fas rm "${TEMP}"
We have a total of 314,871,149 unique sequences (representing 2,254,207,945 reads), avg cluster 7.2, median 1, max 17,084,050. We have 34,768,030 amplicons with an abundance of at least 2, and 65,246,957 with an abundance of at least 1. Memory consumption maxed at 40% of the RAM (256 GB total), so ca. 100 GB, for a 53 GB input file (apparently twice the input size).
1.3 Clustering
Swarm is freely available.
cd ${HOME}/Earth_Microbiome_Project/ FASTA="EMP_92_studies.fas" SWARM="/usr/local/bin/swarm -d 1 -t 8 -z" MAX_MEMORY="245760" # in MB # Swarm (without the fastidious option) ${SWARM} \ -w "${FASTA/.fasta/_1_representatives.fasta}" \ -s "${FASTA/.fasta/_1.stats}" \ -i "${FASTA/.fasta/_1.struct}" \ -o "${FASTA/.fasta/_1.swarms}" \ "${FASTA}" # Swarm with the fastidious option (recommended) ${SWARM} \ -f \ -c "${MAX_MEMORY}" \ -w "${FASTA/.fasta/_1f_representatives.fasta}" \ -s "${FASTA/.fasta/_1f.stats}" \ -i "${FASTA/.fasta/_1f.struct}" \ -o "${FASTA/.fasta/_1f.swarms}" \ "${FASTA}"
1.4 Timings and memory usage
Machine/OS details
Machine "hugemem" node in Abel cluster at University of Oslo CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-4620 0 @ 2.20GHz CPUs 4 Cores/CPU 8 Virtual cores 2 Hyperthreading Kernel Linux version 3.19.1 OS Red Hat CentOS release 6.6 Memory 1024 GB
Four test runs
| Dataset | Fastidious | Elapsed time (hh:mm:ss) | Max resident memory (blocks) | Max resident memory (GB) | Time (s) | OTUs | Sequences | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| small | N | 01:45:05 | 173,471,632 | 41 | 6,305 | 49,138,023 | 154,896,650 | |
| small | Y | 04:59:35 | 477,742,608 | 114 | 17,975 | 29,485,078 | 154,896,650 | |
| large | N | 03:40:45 | 358,783,376 | 86 | 13,245 | 107,620,192 | 314,871,149 | |
| large | Y | 11:28:55 | 1,001,843,952 | 239 | 41,335 | 65,520,237 | 314,871,149 | |
| small | N | 01:45:34 | 173,471,648 | 41 | 6,334 | 49,138,023 | 154,896,650 | |
| small | Y | 04:59:00 | 477,742,608 | 114 | 17,940 | 29,485,078 | 154,896,650 | |
| large | N | 03:42:13 | 358,783,392 | 86 | 13,333 | 107,620,192 | 314,871,149 | |
| large | Y | 11:31:53 | 1,001,844,000 | 239 | 41,513 | 65,520,237 | 314,871,149 | |
| small | N | 01:44:31 | 173,471,632 | 41 | 6,271 | 49,138,023 | 154,896,650 | |
| small | Y | 04:59:53 | 477,742,608 | 114 | 17,993 | 29,485,078 | 154,896,650 | |
| large | N | 03:41:18 | 358,783,392 | 86 | 13,278 | 107,620,192 | 314,871,149 | |
| large | Y | 11:29:07 | 1,001,843,968 | 239 | 41,347 | 65,520,237 | 314,871,149 | |
| small | N | 01:45:19 | 173,471,632 | 41 | 6,319 | 49,138,023 | 154,896,650 | |
| small | Y | 04:57:53 | 477,742,624 | 114 | 17,873 | 29,485,078 | 154,896,650 | |
| large | N | 03:40:47 | 358,783,408 | 86 | 13,247 | 107,620,192 | 314,871,149 | |
| large | Y | 11:23:47 | 1,001,843,984 | 239 | 41,027 | 65,520,237 | 314,871,149 |
Averages
| Dataset | Fastidious | Elapsed time (hh:mm:ss) | Max resident memory (blocks) | Max resident memory (GB) | Time (s) | OTUs | Sequences | OTU reduction |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| small | N | 1:45:07 | 173,471,636 | 41 | 6,307 | 49,138,023 | 154,896,650 | |
| small | Y | 4:59:05 | 477,742,612 | 114 | 17,945 | 29,485,078 | 154,896,650 | 40,0% |
| large | N | 3:41:16 | 358,783,392 | 86 | 13,276 | 107,620,192 | 314,871,149 | |
| large | Y | 11:28:26 | 1,001,843,976 | 239 | 41,306 | 65,520,237 | 314,871,149 | 39,1% |
1.5 Timmings and OTUs with/without breaking
# kl SWARM="/usr/local/bin/swarm -t 8" TARA="TARA_V9_264_samples.fas" TIME="/usr/bin/time" cd ${HOME}/TARA/data/ for i in {1..3} ; do "${TIME}" "${SWARM}" -n < "${TARA}" # no breaking "${TIME}" "${SWARM}" < "${TARA}" # breaking "${TIME}" "${SWARM}" -f < "${TARA}" # breaking and fastidious done > /dev/null
| speed (s) | OTUs | |
|---|---|---|
| no breaking | 549 ± 4 | 1,646,172 |
| breaking | 545 ± 4 | 1,720,051 |
| breaking + fastidious | 1,005 ± 150 | 961,498 |
2 Statistics on mock-communities
(please see swarm's first paper and supplementary file for technical details)
The effect of the fastidious option is tested on two mock communities (even and uneven). Global clustering threshold is set to 99% for CD-HIT, DNAclust and Usearch. Local clustering threshold is set to d = 1 for swarm v1 and v2. Precision and recall are assessed using taxonomic assignments as ground-truth. The adjusted Rand summarizes precision and recall.
| Even | cdhit | dnaclust | swarm v1 | swarm v2 -f | usearch nopresorting | usearch presorting |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Adjusted Rand | 0.833911 | 0.791682 | 0.890808 | 0.900771 | 0.730726 | 0.764851 |
| precision | 0.9917455 | 0.993833 | 0.989226 | 0.989040 | 0.9992455 | 0.9979645 |
| recall | 0.817086 | 0.805298 | 0.900424 | 0.910229 | 0.7290765 | 0.7770075 |
| Uneven | cdhit | dnaclust | Swarm v1 | swarm v2 -f | usearch_nopresorting | usearch_presorting |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Adjusted Rand | 0.916296 | 0.88293 | 0.958151 | 0.968902 | 0.7795105 | 0.8055815 |
| precision | 0.992909 | 0.993072 | 0.99204 | 0.991910 | 0.9993245 | 0.995633 |
| recall | 0.90031 | 0.882763 | 0.949209 | 0.959101 | 0.777604 | 0.81194 |
Even = Fusion Golay Uneven = Mirce
| Even | swarm v1 | swarm v2 -f | Diff |
|---|---|---|---|
| Adjusted Rand | 0.890808 | 0.900771 | 0.009973 |
| precision | 0.989226 | 0.989040 | -0.000186 |
| recall | 0.900424 | 0.910229 | 0.009805 |
| Uneven | Swarm v1 | swarm v2 -f | Diff |
|---|---|---|---|
| Adjusted Rand | 0.958151 | 0.968902 | 0.010751 |
| precision | 0.99204 | 0.991910 | -0.000130 |
| recall | 0.949209 | 0.959101 | 0.009892 |
The fastidious option improves recall (i.e. limits under-grouping) by 0.009805 (even community) and 0.009892 (uneven community). The fastidious reduces precision (i.e. some over-grouping) by 0.000186 (even community) and 0.000094 (uneven community). The slight over-grouping effect of the fastidious option is largely compensated by the reduction of under-grouping. That result suggests that the fastidious process correctly grafts small OTUs onto their original larger OTUs in most cases.
3 OTU visualizations (BioMarKs 18S rRNA V4 and V9 datasets)
3.1 Obtain the BioMarKs datasets
The dereplicated fasta datasets are available on demand (mahe@rhrk.uni-kl.de).
3.2 Clustering and Visualization
Swarm is ran without the fastidious option, and breaking is deactivated to illustrate the role of that phase.
We selected two OTUs, one for each marker, to illustrate the way swarm works and the differences with classic clustering (here represented by uclust as implemented in usearch).
Code snippets below apply to the V9 dataset. To replicate the analyzes for the V4 dataset, just replace "v9" with "v4" and target the 54th OTU.
cd ${HOME}/BioMarKs/ # Clustering FASTA="biomarks_v9.fas" swarm \ -d 1 \ -n \ -w "${FASTA/.fasta/_1n_representatives.fasta}" \ -s "${FASTA/.fasta/_1n.stats}" \ -i "${FASTA/.fasta/_1n.struct}" \ -o "${FASTA/.fasta/_1n.swarms}" \ "${FASTA}" # Visualization (of the 23rd OTU) OTU=23 GRAPH_PLOT="graph_plot.py" SWARMS="${FASTA}_1n.swarms" STRUCT="${FASTA}_1n.struct}" python "${GRAPH_PLOT}" -s "${SWARMS}" -i "${STRUCT}" -o "${OTU}" -d 1 rm *.graphml
3.2.1 Graph plotting script
This python script is available in the swarm repository.
3.3 Compare swarm and usearch
cd ${HOME}/BioMarKs/ FASTA="biomarks_v9.fas" SWARMS="${FASTA/.fas/}_1n.swarms" TMP=$(mktemp) ALN=$(mktemp) STATS=$(mktemp) UC=$(mktemp) CENTROIDS=$(mktemp) OTU=23 OTU_FASTA="${FASTA/.fas/}_1n_OTU_${OTU}.fas" # Extract OTU in fasta format grep -A 1 -F \ -f <(head -n "${OTU}" "${SWARMS}" | tail -n 1 | tr " " "\n" | sed -e 's/^/>/') \ "${FASTA}" | \ sed -e '/^--$/d' > "${OTU_FASTA}" # Swarm (with breaking and fastidious) swarm -d 1 -f -s "${STATS}" < "${OTU_FASTA}" > /dev/null cat "${STATS}" # Vsearch pairwise comparison head -n 6 "${OTU_FASTA}" | sed -e 's/_/;size=/' > "${TMP}" vsearch --allpairs_global "${TMP}" --alnout "${ALN}" --acceptall --rowlen 0 cat "${ALN}" # Convert to usearch format sed -e '/^>/ s/_/;size=/' -e '/^>/ ! y/acgt/ACGT/' "${OTU_FASTA}" > "${TMP}" # Usearch (3 last main versions, with a global threshold of 97%) USEARCH8="usearch8.0.1623_i86linux32" "${USEARCH8}" -cluster_smallmem "${TMP}" -uc "${UC}" \ -id 0.97 -sortedby size -centroids "${CENTROIDS}" head "${CENTROIDS}" echo echo "Usearch 6" USEARCH6="usearch6.0.203_i86linux32" "${USEARCH6}" -cluster_smallmem "${TMP}" -uc "${UC}" \ -id 0.97 -usersort -centroids "${CENTROIDS}" head "${CENTROIDS}" echo echo "Usearch 7" USEARCH7="usearch7.0.1001_i86linux32" "${USEARCH7}" -cluster_smallmem "${TMP}" -uc "${UC}" \ -id 0.97 -usersort -centroids "${CENTROIDS}" head "${CENTROIDS}" echo # Cleaning rm "${TMP}" "${ALN}" "${STATS}" "${UC}" "${CENTROIDS}"
3.3.1 BioMarKs 18S rRNA V9 OTU 23 fasta file
To simplify replication of our results, we provide the OTU 23 in fasta format:
>0407735d01645afa65eb6590ed4a099c_3261 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >b006687ac73dce9f8bca2f1f9a98dade_2015 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >7700225d0c9910e51cb0148e08c9ce75_821 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >79dd6a535c70c0227ca8a3188238476d_628 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgttattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >d20f68c09168a0194afe4b123b6fb270_345 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtatttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >c83a74942a554c0eff63294b79c421b1_317 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcatttttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >bd62c4b4816ced63d0bd3e1fdd8bb230_150 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtatttttaaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >13a601b2989208f730c7fc9ffaadf621_132 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgtatttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >c37588fa992ef1b1c78d6c556dc5a210_101 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggttttcc >99a43800b7682574964769f27977e5ac_81 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgctattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >8e3e395b254a5413ae785714633b35d2_65 gctcctaccgattggatgagttggtgagtggattggagtaacagctatcttcctgtaagattgttgtatttttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >bb0a8d4579f94f1c96b9d54c9bc5944b_64 gctcctaccgattggatgagttggtgagtggattggagtaacagctatcttcctgtaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >089fe655d493ec5f2eacea011e6c2317_50 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >1ee57f34ee06b90d7511c46527f4462b_43 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgcaaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >f464592b9fcbad0be632dbca0d25d82f_43 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcatttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >254dda8c183e168b8fec3468d552a529_39 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcatttttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggttttcc >0de8f97af7c188e8f01fcdbdf2af8b09_36 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatcttcctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >03545f2aa099cd8e1f043850bc7f55f8_32 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaattgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >bb2f7874863370c9ec983492d43f85b2_29 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttatattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >23931d5321d5946670c32889b6fb8287_28 gcttctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >a9be502270843c24272066d56acd8bcd_28 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgttaattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >156d430c7760d8279740556afa7e6dc1_23 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggttttcc >21d2e091268b453e3813ba3b13c6c3c1_22 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggttttcc >df119620d321c4969581ed7d10c2d445_22 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaaatttgcaaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >1fd96a28f4a18babf4aeb0c025fb3e17_20 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgcaaactagattatctagatgaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >aa1496be522541215b5609ff3c3eec69_20 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcaattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >2942f04d19da4a86adaa8adcc3ac5dc5_19 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgctatttttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >b2a4d67ad311f9c1afa3f404f67ba746_19 gctcctaccgattggatgagttggtgagtggattggagtaacagctatcttcctgtaagattgttgttattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >693a7a07d7aef949f19fa1f9d01b197f_18 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >55bb445eac7e0a51dce638db482ed691_17 actcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >82f3a739acc2bb64ff45f5c1276be8be_17 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >b8edf5e215b4b86eb6f408db9c4cfe9f_17 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcatttttttaaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggttttcc >b71135e67f7a846149240dc40f3ab845_16 gcttctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >11e754aac088fd8018bb9f39ec7bb38f_14 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcatttttttaaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >29b2e004c17f4c6b5d26ac23a2c8843d_13 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaatagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >2e08c5a8f1f12de29b3666844d40e05a_13 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatcttcctgaaagattgttgtatttttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >801fd4038a9c1e911281c6b69ca9d730_13 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgttatttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >e24e78db35472de11150619a6e3ccc76_13 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatcttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >77952b068a90ee75d64be1873c8bdfcd_12 gctcctaccgattggatgagttggtgagggaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >b0e4969cd406766096e70096ed4df7f2_12 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatcttcctgaaagattgttgttattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >e24903cc99655d1816857d72bd98542a_12 gctactaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >c254554094967bb389e5d74f1bd4f38f_11 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaagatttcc >d19c4869c5667565a4e6f5eb39cee399_11 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaagtaaaagtcgtaacaaggtttcc >04a9a609fd0c82d2dfb422d4087bd9d0_10 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgacaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >57f8b65d0e08061c1fd62ffe243c9506_10 gctactaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >65ca15ccd08da92fbcd0c95ac6124434_10 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >718c82b8a5f1f864707e755b766eb34b_10 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttaaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >a346596ddbfa4e45f2ea94c418d1b948_10 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgacaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >a47ff0754b82727ad6f7d6d67d4ffada_10 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtaatttttaaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >c3d1b798e12e1fb1dd8196c66e753f88_10 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcatttttttaaaaatttgcaaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggttttcc >da886773d6621a28431d025df8d01d1f_10 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcatttttttaaaatttgcaaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >4ecae6b0af37c50fd7e6dbadb64a94bf_9 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacagctatctttctgaaagattgttgtattttttaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >528e5b55e98eb1121c2c7bc94c643734_9 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgtattttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc >6877e30bca620285af7c5266c91f041a_9 gctcctaccgattggatgagttggtgagtgaattggagtaacaggtatctttctgaaagattgttgcattttttaaaatttgcaaactagattatctagaggaaggagaagttgtaacaaggtttcc 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3.3.2 BioMarKs 18S rRNA V4 OTU 54 fasta file
To simplify replication of our results, we provide the OTU 54 in fasta format:
>cf300107400178f2895f501833126e35_1153 agctccaatagcgtatattaaagttgttgcagttaaaaagctcgtagttggatttcggagtgggccagttggtccgccgcaaggtgtgttactgactggtttgctcttcttcgcaaagactgcgtgtgctctttattgagtgtgcgtaggatttacgacgtttactttgaaaaaattagagtgttcaaagcaggctattgcttgaatacatgagcatggaataatggaataggattttggtcccattttgttggtttctaggaccgaagtaatgattaagagggacaattgggggcatccgtatttcgttgtcagaggtgaaattcttggatttacgaaagacgaacaactgcgaaagcacttgccaagagtgttttca >834a8eff393e23d3b887ee35b0556568_1112 agctccaatagcgtatattaaagttgttgcagttaaaaagctcgtagttggatttcggagtgggcccgttggtccgccgcaaggtgtgttactgactggtctgctcttcttcgcaaagactgcgtgtgctctttgttgagtgtgcgtaggatttacgacgtttactttgaaaaaattagagtgttcaaagcaggctattgcttgaatacatgagcatggaataatggaataggactttggtcccattttgttggtttctaggaccgaagtaatgattaagagggacaattgggggcatccgtatttcgttgtcagaggtgaaattcttggatttacgaaagacgaacaactgcgaaagcacttgccaagagtgttttca >7d8fab98aa0ff020eefb0cceabb38964_815 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Date: [2015-07-08 mer.]
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