#NEXUS BEGIN DATA; DIMENSIONS NTAX=24 NCHAR=933; FORMAT DATATYPE = mixed(standard:1-80,DNA:81-933) GAP = - MISSING = ? INTERLEAVE = yes; MATRIX [morph] Djarthia_murgonensis ?000??0000000000000000000000????02?000000000000???????????????????????????????{01}0 Perameles_nasuta 010000010020200{01}0000000000011110111110000010201001100011020011200111110-11101100 Antechinus_flavipes 11101000010000000010000000011111020000000000002000100110000111211102111111000000 Badjcinus_turnbulli 10??000?0111-00?01100??100011?10021?0021100010100?1?0??00100002001?1100-000000?0 Barinya_wangala 10010010010000000010000000011?100200000000000010?11001101000102011021111000000?0 Dasycercus_cristicauda 113-100-020010000110000000011{01}10-31101010200002001110110000111211102111101000010 Dasyuroides_achilpatna ????????0?00{01}00001100?000001???10??001000000002????????????????????????????????0 Dasyurus_dunmalli ????????0201-000?1100?000001???10??001010200002????????????????????????????????0 Dasyurus_hallucatus 104--0--0101-0000110000000011010-3110011010100100?1?011000?111211102111100000010 Dasyurus_maculatus 104--0--0201-1010011101000011010-31100111101002100110110?10111211102111100000010 Muribacinus_gadiyuli ??00???101100000011000000001????1?000000100000?01??????????????????????????????0 Mutpuracinus_archibaldi 1000000001000000011000000001???00?1?01?00?0001?0??100?1??000102011?21?11010000?0 Ngamalacinus_timmulvaneyi ??0010010?100?0??11000?0?001????????00101001001?1??????????????????????????????0 Nimbacinus_dicksoni 100000010110000?01100??0?0011?1010??0010100000100110011?2100102001?1100-0?0000?0 Phascogale_tapoatafa 10{012}01000010000000110000000011011000000000000000001100110000111211102111100000010 Sminthopsis_floravillensis ????????????????????????????1??102000101110100?????????????????????????????????0 Sminthopsis_murina 1{01}{01}01000010000000110000000011111120001000000002000110110000111211112111111000010 Thylacinus_cynocephalus 10001000013012110210211121111110101101202001?12211100{01}11210010200111100-000000{01}1 Thylacinus_macknessi ?????????????0?????????1???1???010100120{12}001?01????????????????????????????????0 Thylacinus_megiriani ???000110?000210?20121110010????1?11???????1???111?????????????????????????????2 Thylacinus_potens ??00011001301000?2{01}020010001???10?0001202?01?12???100??????????????????????????2 Thylacinus_yorkellus ???????????????????????????????01011012?2?01-??????????????????????????????????1 Tyarrpecinus_rothi ????011?0?301100?1101??0?001???????????????????????????????????????????????????0 Wabulacinus_ridei ????????0?3011???2??1??11??1????0?1?01??1?000??00??????????????????????????????0 [12S_loops] Djarthia_murgonensis ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Barinya_wangala ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Dasyurus_dunmalli ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Phascogale_tapoatafa AATGGTTTTCCTAAAAGTTTCCGCTACCCAAGTATTTTAAAATCAACACATGACTAGT-TTGACACCCACGCTACAACTAACACTAGAAAAAAAAAATTCCA---------CGGTCATTGAAACAAAGTTTAACAAAAAAGATAATGTAATACTCAATGTTAAAATACGCATTACTTAAAGTACAACATTAGAGACCTAGCGTAAACCGAAAACAGAGAACTACGCACTTAAAACTCAAACTGGACCCTCGGGTAATAAACCCATACCTCATGGCCACATCTA--CAAAAGAAAGATCAAAAATATG-ATACATTATATTACGGAAAATGAAGGAGGACAGTAAATAGAGAGGAAATCGGCAAACACCCTACCGAAAAAATTAAAT-G-GGAAGA Sminthopsis_floravillensis ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Sminthopsis_murina AGTGGTTTGCCTAAAAGTCTCCGCAACCCGAGTATTAAAAGATCAACACATGACTTGT-TTGACACCCAAGATACAACTAACACAAGAAAAAAAAAATCCCA---------CGGTCATTAAAACAAAGTTTAATAAAAAAAATGTTGTAATACCCTTCATTAAAATACACATAACTTAAAACCCAACATTAGAGACCTAGCATAAACTGAAGACAGAGAACTACGCACTTAAAACTCAAACTGGACCCTCGGATAATAAACCCACACCTCATCGCCACATCTT--CAAAAGAAAAATCAAAAATATG-ATACATTACTCTACGGAAAATGAAGGAGGACAGTAAATAGAGAGGAAAATGGCAAACACCCTACCAAAAAAATTAAAT-G-GGAAGA Thylacinus_cynocephalus AATGGTTTCCCTAAAAGTTTCCGCGCCCCAAGAATCAAAAGATCAACACATGACTTGC-CTAGCGCCCACGATACAACTAATACTAGAAAAAAACAATACCA---------CGGTCATTAAAACAAAGCTTAAAAAAAATACCAATGTAATACCATGTACTAAAATACACATAACTTAAAGTACAACATTAGATACCTAGCATAAACTTAAGACAGAGAACTACGCACTTAAAACTCAAACTGAACCCTTGGATAATAAACCCACACCTCATAGCCACATCGA--CAAAAGAAAGATTAAAAGTATG-ACACATTAAATTACGAAAAATGAAGGAGGATAGTAAATAGAGAGGAAAAAGGCAAACACCCTACCGAAAAAATTAAAT-G-GGAAGA Thylacinus_macknessi ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Perameles_nasuta AGGTTTCCAGCCTTCTATTAATTAATTAAACACTGCGTGGCCCTACTAGTAGGGCGGTGGCACTAGTGCCACCCACCCGGGCAGTGTTAAGTAAACGTTTGCTAATTTAATTAGGGTTGGTTCGTGGCACCGCTACGAAACCCATTAATAGAGGCGTGTGTATTAAAGTTTAACTACGTAGTTAACGTGACTTTAATACACGCTAAGATGGGCCCATCTTAGCAGTTATTACAATAACTGCCAGCGCTGGATGGCGTGCCCTACTAGAAGCCTGTTCTATCGCGATCCTTCTCGTCTATATACCGCCATCGTGCACCCCGGGGCGCATATAACGTTGGTCAAGGTGTAACGAGAAGGAGAATGGGCTCTCTAGAGTCATCTTATGTTTAGAATTAAGCTTAATTTAGGGCGCGCCACGCGCCTCCTCGAGGAGGCGCGTAAGTGTACTAGTGCACTTG Antechinus_flavipes AGGTTTCCGGCCTACTGTTAATTTATTAGACACTGCGTGGCCCTACTAGTAGGGCGGTGGCACTAGTGCCACCCACCCGGGCAGTGTTGAGTAAACGTTTGCTAATCTAATAAGGGTTGGTTCGTGGCACCGCTACGAAACCCGTTAACAGAGGCGTGTGTGCTAAAGTTCAATTGCGCGGTTGACGTGACTTTAGCACACGCTAAGATGGGCCCATCTTAGCGGTAGTTACGACTATTGCCAGCGCTGGATGGCGTGCCCTACTAGAAGCCTGTCCTATCGCGATCCTTTCCGTCTATATACCGCCATCGTGCACCCCGGGGTGCATATAACGTTGGTCAAGGTGTAGCGGAAAGGAGGATGGGCTTTCTAGAATTGTCTATTGTTTAGAATTAAGCTTAATTTGGGGTGCGTCACGCGCCTCCTCGAGGAGGCGCGTAAGTGTACTAGTGCACTTG Badjcinus_turnbulli ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Barinya_wangala ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Dasycercus_cristicauda AGGTTTCCGGCCTACTGTTAATTTATTAGACACTGCGTGGCCCTACTAGTAGGGCGGTGGCACTAGTGCCACCCACCCGGGCAGTGTTGAGTAAACGTTTGCTAATCTAATAAGGGTTGGTTCGTGGCACCGCTACGAAACCCATTAACAGAGGCGTGTGTGCTAAAGTTCGACTGCGCAGTTGACGTGACTTTAGCACACGCTAAGATGGGCCCATCTTAGCGGTAGTTACAACTACCGCCAGCGCTGGATGGCGTGCCCTACTAGAAGCCTGTTCTATCGCGATCCCCTTCGTCTATATACCGCCATCGTGCACCCCGGGGTGCATATAACGTTGGTCAAGGTGTAGCGAAGGGGAGAATGGGCTTTCTAGAATTGTCTTTTGTTTAGAATTAAGCTTAGTTTAGGGTGCGTCACGCGCCTCCTCGAGGAGGCGCGTAAGTGTACTAGTGCACTTG Dasyuroides_achilpatna ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Dasyurus_dunmalli ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Dasyurus_hallucatus AGGTTTCCGGCCTACTGTTAATTTATTAAACACTGCGTGGCCCTACTAGCAGGGCGGTGGCACTAGCGCCACCCACCCGGGCAGTGTTGAGTAAACGTTTGCTAATTTAATAAGGGTTGGTTCGTGGCACCGCTACGAAACCCATTAACAGAGGCGTGTGTGCTAAAGTTCAACTGCGCAGTTGACGTGACTTTAGCACACACTAAGATGGGCCCATCTTAGTGGTAATTACAATTACTGCCAGCGCTGGATGGCGTGCCCTACTAGAAGCCTGTTCTATCGCGATCCCCTCCGTCTATATACCGCCATCGTGCACCCCGGGGTGCATATAACGTTGGTCAAGGTGTAGCGGAGGGGAGGATGGGCTTTCTAGAATTGTCTACTGTTTAGAATTAAGCTTAATTTAGGGTGCGTCACGCGCCTCCTCGAGGAGGCGCGTAAGTGTACTAGTGCACTTG Dasyurus_maculatus AGGTTTCCGGCCTACTGTTAATTTATTAGACACTGCGTGGCCCTACTAGTAGGGCGGTGGCACTAGCGCCACCCACCCGGGCAGTGTTGAGTAAACGTTTGCTAATCTAATAAGGGTTGGTTCGTGGCACCGCTACGAAACCCATTAACAGAGGCGTGTGTGCTAAAGTTTAACTGCGCAGTTGACGTGACTTTAGCACACGCTAAGATGGGCCCATCTTAGCGGTAATTACAATTACTGCCAGCGCTGGATGGCGTGCCCTACTAGAAGCCTGTTCTATCGCGATCCTCTTCGTCTATATACCGCCATCGTGCACCCCGGGGTGCATATAACGTTGGTCAAGGTGTAGCGAAGAGGAGAATGGGCTTTCTAGAATTGTCTACTGTTTAGAATTAAGCTTAATTTAGGGTGCGTCACGCGCCTCCTCGAGGAGGCGCGTAAGTGTACTAGTGCACTTG Muribacinus_gadiyuli ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Mutpuracinus_archibaldi ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ngamalacinus_timmulvaneyi ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Nimbacinus_dicksoni ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phascogale_tapoatafa AGGTTTCCGGCCTACTGTTAATTTATTAGACACTGCGTGGCCCTGCTAGTAGGGTGGTGGCACTAGTGCCACCCACCCGGGCAGTGTTGAGTAAACGTTTGCTAATCTAATAAGGGTTGGTTCGTGGCACCGCTACGAAACCCATTAACAGAGGCGTGTGTGCTAAGGTTCAACTGCGCGGTTGACGTGACTTTAGCACATGCTAAGATGGGCCCATCTTAGCGGTAGTTACGACTATCGCCAGCGCTGGATGGCGTGCCCTACTAGAAGCCTGTTCTATCGCGATCCTCTCCGTCTATATACCGCCATCGTGCACCCCGGGGTGCATATAACGTTGGTCAAGGTGTAGCGGAAAGGAGAATGGGCTTTCTAGAATTGCCTGTTGTTTAGAATTAAGCTTAATTTGGGGTGCGTCACGCGCCTCCTCGAGGAGGCGCGTAAGTGTACTAGTGCACTTG Sminthopsis_floravillensis ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Sminthopsis_murina AGGTTTCCAGCCTACTGTTAATTTATTAGACACTGCGTGACCCCACTAGCCGGGTGGTGGCACTAGTGCCACCCACCCGGGCAGTGTTGAGTGAACGTTTGCTAATCTAATAAGGGTTGGTTCGTGGCACCGCTATGAAACCCATTAACAGAGGCGTGTGTGCTAAGGTTCAACTGCGCAGTTGACGTGACTTTAGCACACGCTAAGATGGGCCCATCTTAGCGGTAATTACAATTACTGCCAGCGCTGGATGGCGTGCCCTACTAGAAGCCTGTTCTATCGCGATCCCCTTCGTCTATATACCGCCATCGTGCACCCCGGGGTGCATATAACGTTGGTCAAGGTGTAGCGGAGGGGAGAATGGGCTTTCTAGAAATGTCTATTGTTTAGAATTAAGCTTAATTTAGGGTGCGCCACGCGCCTCCTCGAGGAGGCGCGTAAGTGTACTGGTGCACTTG Thylacinus_cynocephalus AGGTTTCCGGCCTACTGTTAATTTATTAGACACTGCGTGGCCCTACTAGTAGGGTGGTGGCACTAGTGCCACCCACCCGGGCAGTGTTGAGTGAACGTTTGCTAATTTAATAAGGGTTGGTTCGTGGCACCGCTACGAAACCCGTTAACAGAGGTGTGTGTGCTAAAGTTTGACTGCGCAGTTAACGTGACTTTAGCACACGCTAAGATGGGCCCATCTTAGCGGTAGTCACGACTACTGCCAGCGCTGGATGGCGTGCCCTACTAGAAGCCTGTTCTATCGCGATCCCCTTCGTCTATATACCGCCATCGTGCACCCCGGGGTGCATATAACGTTGGTCAAGGTGTAGCGGAGGGGAGGATGGGCTTTCTAGAATTATCTATTGTTTAGAATTAAGCTTAATTTGGGGTGCGTCACGCGCCTCCTCGAGGAGGCGCGTAAGTGTACTGGTGCACTTG Thylacinus_macknessi ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Thylacinus_megiriani ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Thylacinus_potens ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Thylacinus_yorkellus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tyarrpecinus_rothi ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Wabulacinus_ridei ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; [Maximucinus_muirheadae ????????1?100??1?1102???0??1???????????????????????????????????????????????????1 removed from all analyses due to poor character coverage and wildcard behaviour] begin mrbayes; CHARSET morph = 1-80; CHARSET 12S_loops = 81-475; CHARSET 12S_stems = 476-933; CTYPE ord: 3 10 13 14 18 19 21 25 28 34 39 41 42 43 45 47 48 57 58 59 63 68 80; CHARSET p1 = 1-80; CHARSET p2 = 81-475; CHARSET p3 = 476-933; PARTITION 3partitions = 3: p1, p2, p3; SET PARTITION = 3partitions; LSET applyto=(1) rates=gamma coding=var; LSET applyto=(2,3) nst=6 rates=invgamma; UNLINK shape=(all) pinvar=(all) statefreq=(all) revmat=(all); PRSET applyto=(all) ratepr=variable; PRSET clockvarpr=igr; PRSET clockratepr = normal(0.001,0.01); PRSET igrvarpr=exp(10); CONSTRAINT root = 1-.; [required for dating analyses] CONSTRAINT ingroup = 3-24; CALIBRATE Djarthia_murgonensis = uniform (54.6,54.7) Perameles_nasuta = fixed (0) Antechinus_flavipes = fixed (0) Badjcinus_turnbulli = uniform (23.0, 27.8) Barinya_wangala = uniform (11.62,23.03) Dasycercus_cristicauda = fixed (0) Dasyuroides_achilpatna = uniform (2.5,2.9) Dasyurus_dunmalli = uniform (3.6,4.2) Dasyurus_hallucatus = fixed (0) Dasyurus_maculatus = fixed (0) Muribacinus_gadiyuli = uniform (12.9,15.1) Mutpuracinus_archibaldi = uniform (12.0,17.0) Ngamalacinus_timmulvaneyi = uniform (16.2,18.5) Nimbacinus_dicksoni = uniform (12.0,17.0) Phascogale_tapoatafa = fixed (0) Sminthopsis_floravillensis = uniform (0.1,2.58) Sminthopsis_murina = fixed (0) Thylacinus_cynocephalus = fixed (0) Thylacinus_macknessi = uniform (16.2,18.5) Thylacinus_megiriani = uniform (4.5,7.5) Thylacinus_potens = uniform (5.5,8.5) Thylacinus_yorkellus = uniform (3.6,5.3) Tyarrpecinus_rothi = uniform (5.5,8.5) Wabulacinus_ridei = uniform (17.0, 18.5) ; CALIBRATE root = offsetexp(54.61,60.3); [Djarthia_murgonensis through KPg - NB offsetexp is a MIN/MEAN setting, not a MIN/MAX] CALIBRATE ingroup = offsetexp(23.031,44.52); [Barinya_wangala through KPg - NB offsetexp is a MIN/MEAN setting, not a MIN/MAX] PRSET nodeagepr = calibrated; PRSET brlenspr=clock:fossilization; PRSET sampleprob = 0.0833; [sampled/extant ingroup] PRSET samplestrat = random; [non-total and non-equal sampling of extant Dasyuromorphians] PRSET speciationpr = exp(10); PRSET extinctionpr = beta(1,1); PRSET fossilizationpr = beta(1,1); PRSET treeagepr = offsetexp(54.61,60.3); PRSET topologypr = constraints (root,ingroup); MCMCP nruns=4 nchains=4 temp=0.1 mcmcdiagn=yes savebrlens=yes relburnin=yes burninfrac=0.25; MCMCP samplefreq=5000 printfr=5000 filename=REA_total_FBD; MCMC ngen= 40000000; sumt filename=REA_total_FBD contype=allcompat relburnin=yes burninfrac=0.25; sump filename=REA_total_FBD relburnin=yes burninfrac=0.25; End;