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Pleurolicus_sulcifrons	1	0	2	1	1	1	?	1	1	1	1	0	0	2	0	1	0	0	0	2	0	1	0	1	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	1	?	0	0	0	3	1	1	0	1	1	1	0	1	1	0	0	2	0	1	2	0	0	?	1	0	0	0	0	1	0	0	2	1	2	0	1	0	1	0	0	1	?	0	?	1	0	0	0	0	1	0	1	1	1	1	0	1	0	0	1	0
Thomomys_talpoides	2	0	2	2	2	1	?	0	0	0	1	0	0	0	2	1	1	0	0	1	0	1	0	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	2	0	2	1	0	1	3	1	1	0	2	0	2	0	2	1	0	1	2	0	0	2	0	0	?	1	1	1	0	0	0	0	0	?	1	2	0	0	0	0	0	1	0	1	0	0	0	0	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	1	2	2	0	0
Pliosaccomys_dubius	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	{01}	1	0	0	?	?	?	?	0	0	0	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	1	?	?	?	1	0	2	1	0	1	?	?	?	?	?	?	?	1	{01}	?	?	?	?	0	?	?	1	2	?	?	?	?	0	0	?	?	?	?	?	?	?	?	?	1	1	?	?	1	1	0	?	2	0	1	?
Parapliosaccomys_cf.P.oregonensis	2	0	?	2	2	1	?	?	?	?	?	?	?	?	?	1	0	0	{01}	{12}	0	0	?	?	?	?	0	0	0	?	?	?	0	?	?	1	?	0	?	3	1	1	?	?	?	2	0	2	1	0	1	2	?	?	?	?	?	?	1	1	?	?	?	?	0	?	1	1	2	?	?	?	?	0	0	0	0	0	?	1	?	?	?	0	1	1	?	?	1	1	0	?	1	1	1	?
Geomys_arenarius	2	0	?	2	2	1	?	0	0	0	1	0	0	0	2	1	1	0	0	1	0	1	0	1	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	0	2	1	0	1	3	1	1	0	2	0	2	0	2	1	0	?	2	0	0	2	0	0	?	1	1	1	0	0	1	0	?	?	1	2	0	0	0	0	0	1	0	1	0	0	1	1	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	1	2	2	0	0
Cratogeomys_merriami	2	0	2	2	2	1	?	0	0	0	0	0	0	0	2	1	1	0	0	2	0	1	0	1	0	1	1	0	0	0	0	1	0	2	0	2	1	0	1	3	1	1	0	2	0	2	0	2	1	0	1	2	0	0	2	0	0	?	1	1	1	0	0	0	0	0	1	1	2	0	0	0	0	0	1	0	1	0	0	1	1	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	1	2	2	0	0
Trogomys_rupinimenthae	?	?	?	1	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	0	0	?	1	2	0	0	?	?	?	?	0	0	1	?	?	?	0	?	?	?	?	?	?	?	?	1	?	?	1	1	1	?	1	1	0	?	?	?	?	?	?	?	0	0	?	?	?	?	1	?	?	1	1	?	?	?	?	1	0	?	0	1	?	?	?	?	1	0	1	0	0	1	?	1	1	?	0	0	?	0
Mojavemys_galushai	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	0	?	1	2	0	?	?	?	?	?	1	2	1	?	?	?	?	?	?	?	?	1	?	1	?	1	?	?	?	{01}	1	1	1	1	0	2	?	?	?	?	?	?	1	1	?	?	?	?	0	?	1	1	2	?	?	?	?	1	0	?	?	1	?	0	?	?	?	?	1	1	?	?	?	1	?	?	0	0	1	0
Phelosaccomys_neomexicanus	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	0	0	1	1	2	0	1	?	?	?	?	1	2	1	?	?	?	?	?	?	?	?	1	?	1	?	1	?	?	?	1	2	1	1	1	0	2	?	?	?	?	?	?	0	1	?	?	?	?	0	?	?	1	2	?	?	?	?	1	0	0	?	1	?	0	?	?	1	0	0	1	?	?	1	1	1	?	0	0	1	?
;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  96;
END;

begin paup;
outgroup Outgroup_Paramys_delicatus Outgroup_Paradjidaumo_trilophus;
ctype ord : 1 4 5 8 9 10 11 12 13 14 18 20 28 31 36 46 47 52 55 63 64 93 94;

constraints Florentiamyidae = ((Sanctimus_simonisi, Sanctimus_stouti, Sanctimus_stuartae, Ecclesimus_tenuiceps, Kirkomys_nebraskensis, Hitonkala_andersontau));
constraints Heliscomyidae = ((Megaheliscomys_mcgrewi, Heliscomys_ostranderi, Heliscomys_vetus));
constraints Perognathus = ((Perognathus_amplus, Perognathus_furlongi));
constraints Heteromys = ((Heteromys_desmarestianus, Heteromys_pictus));
constraints Chaetodipus = ((Chaetodipus_artus, Chaetodipus_hispidus));
constraints Entoptychinae = ((Pleurolicus_sulcifrons, Gregorymys_formosus, Entoptychus_UCMP65251));
constraints Geomyinae = ((Geomys_arenarius, Cratogeomys_merriami, Thomomys_talpoides, Pliosaccomys_dubius, Parapliosaccomys_cf.P.oregonensis));


PSet msTaxa=polymorph;
Assume exSet=InfOnly;
log file = JCH0625.txt;
hsearch nreps = 1000 addseq = random;
savetrees file = JCHSaveTree0625.tre;
contree / treefile = JCHTree0625.tre;
[PScores / CI RI scoreFile='C:\USers\calede.1\Box\Research\JohnsonCanyonHeteromyid\PhylogeneticAnalysis\NEXUS\treescores.txt';]
[DescribeTrees;]
END;