#NEXUS 
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Pliosaccomys_dubius	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	{01}	1	0	0	?	?	?	?	0	0	0	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	1	?	?	?	1	0	2	1	0	1	?	?	?	?	?	?	?	1	{01}	?	?	?	?	0	?	?	1	2	?	?	?	?	0	0	?	?	?	?	?	?	?	?	?	1	1	?	?	1	1	0	?	2	0	1	?
Parapliosaccomys_cf.P.oregonensis	2	0	?	2	2	1	?	?	?	?	?	?	?	?	?	1	0	0	{01}	{12}	0	0	?	?	?	?	0	0	0	?	?	?	0	?	?	1	?	0	?	3	1	1	?	?	?	2	0	2	1	0	1	2	?	?	?	?	?	?	1	1	?	?	?	?	0	?	1	1	2	?	?	?	?	0	0	0	0	0	?	1	?	?	?	0	1	1	?	?	1	1	0	?	1	1	1	?
Geomys_arenarius	2	0	?	2	2	1	?	0	0	0	1	0	0	0	2	1	1	0	0	1	0	1	0	1	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	0	2	1	0	1	3	1	1	0	2	0	2	0	2	1	0	?	2	0	0	2	0	0	?	1	1	1	0	0	1	0	?	?	1	2	0	0	0	0	0	1	0	1	0	0	1	1	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	1	2	2	0	0
Cratogeomys_merriami	2	0	2	2	2	1	?	0	0	0	0	0	0	0	2	1	1	0	0	2	0	1	0	1	0	1	1	0	0	0	0	1	0	2	0	2	1	0	1	3	1	1	0	2	0	2	0	2	1	0	1	2	0	0	2	0	0	?	1	1	1	0	0	0	0	0	1	1	2	0	0	0	0	0	1	0	1	0	0	1	1	0	0	0	1	1	1	1	1	1	0	1	2	2	0	0
Trogomys_rupinimenthae	?	?	?	1	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	0	0	?	1	2	0	0	?	?	?	?	0	0	1	?	?	?	0	?	?	?	?	?	?	?	?	1	?	?	1	1	1	?	1	1	0	?	?	?	?	?	?	?	0	0	?	?	?	?	1	?	?	1	1	?	?	?	?	1	0	?	0	1	?	?	?	?	1	0	1	0	0	1	?	1	1	?	0	0	?	0
Mojavemys_galushai	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	0	?	1	2	0	?	?	?	?	?	1	2	1	?	?	?	?	?	?	?	?	1	?	1	?	1	?	?	?	{01}	1	1	1	1	0	2	?	?	?	?	?	?	1	1	?	?	?	?	0	?	1	1	2	?	?	?	?	1	0	?	?	1	?	0	?	?	?	?	1	1	?	?	?	1	?	?	0	0	1	0
Phelosaccomys_neomexicanus	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	0	0	1	1	2	0	1	?	?	?	?	1	2	1	?	?	?	?	?	?	?	?	1	?	1	?	1	?	?	?	1	2	1	1	1	0	2	?	?	?	?	?	?	0	1	?	?	?	?	0	?	?	1	2	?	?	?	?	1	0	0	?	1	?	0	?	?	1	0	0	1	?	?	1	1	1	?	0	0	1	?

; 
END; 
begin mrbayes; 
set autoclose=yes nowarn=yes; 
LOG START filename=JCH062520.screenlog;  

CTYPE ordered: 1 4 5 8 9 10 11 12 13 14 18 20 28 31 36 46 47 52 55 63 64 93 94; 
LSET rates=gamma; [gamma option allows characters to evolve at different rates] 

outgroup Outgroup_Paramys_delicatus; 

constraint Geomorpha = 2-46; [ingroup]
constraint root = 1-. ; 

CONSTRAINT Florentiamyidae = Sanctimus_simonisi Sanctimus_stouti Sanctimus_stuartae Ecclesimus_tenuiceps Kirkomys_nebraskensis Hitonkala_andersontau;
CONSTRAINT Heliscomyidae = Megaheliscomys_mcgrewi Heliscomys_ostranderi Heliscomys_vetus;
CONSTRAINT Entoptychinae = Pleurolicus_sulcifrons Gregorymys_formosus Entoptychus_UCMP65251;
CONSTRAINT Geomyinae = Geomys_arenarius Cratogeomys_merriami Thomomys_talpoides Pliosaccomys_dubius Parapliosaccomys_cf.P.oregonensis;
CONSTRAINT Perognathus = Perognathus_amplus Perognathus_furlongi;
CONSTRAINT Chaetodipus = Chaetodipus_artus Chaetodipus_hispidus;
CONSTRAINT Heteromys = Heteromys_desmarestianus Heteromys_pictus;

PRSET topologypr = constraints(root, Geomorpha, Florentiamyidae, Heliscomyidae, Entoptychinae, Geomyinae, Perognathus, Chaetodipus, Heteromys); 

mcmcp ngen = 1000000 samplefreq=100 printfreq=1000 nruns=2 nchain=4 relburnin=yes burninfrac=0.25;

mcmcp savebrlens=yes filename=JCH062520_Bayes; 
mcmcp checkpoint=yes; 
mcmc;
sump;
sumt;
end;